یکی از مسائل چالش‌برانگیز و در عین حال کلیدی در طول تاریخ تفکر اسلامی، مسئلۀ «ایمان» است که از جهات مختلف، مورد توجه اندیشمندان بوده است. ملاصدرا به‌عنوان حکیمی متأله و شیعه، ایمان را از مادة أمن می‌داند؛ گویی شخص مؤمن با ایمان، از تکذیب و مخالفت با حق، ایمن می‌شود؛ هرچند ایشان، ایمان را با مفاهیم مختلفی چون تصدیق، حکمت، نور، توحید و عقل تعریف می‌کند، در دیدگاه او « علم و معرفت» مهم‌ترین عنصر در «ایمان» است. صدرا ایمان تقلیدی و کشفی را از اقسام ایمان دانسته است و «عمل» را خارج از حوزۀ مفهومی ایمان قرار می‌دهد.
او ایمان را همچون علم، امری وجودی می‌داند که احکام وجود بر آن سریان دارد، لذا امری مشکک، با قابلیت کمال و نقص و پایین‌ترین مراتب آن ایمان تقلیدی بدون برهان و بالاترین مرتبه‌اش، حق‌الیقین است که از مراتب عرفانی محسوب می‌شود. ایشان توانسته بر اساس مبانی حکمت متعالیه در چهار شاخصۀ نقش کلیدی معرفت؛ علم امری وجودی؛ رابطۀ میان ایمان و عمل صالح و مراتب ایمان، به شایستگی در بُعد نظری از مباحث دینی، بهره ببرد و تبیین نوینی از ایمان ارائه کند؛ هرچند این نقد نیز (که توجه بایسته‌ای در بحث نظری، به عنصر مودت و محبت ندارد) امکان طرح دارد.