الهیات سلبی در مقابل الهیات ایجابی مسیر متفاوتی را در خداشناسی عرضه می‌کند و منکر معرفت اثباتی از خداست. اما در مدرسۀ کلامی خراسان، الهیات سلبی نقش مکمل معرفتی ایجابی را ایفا می‌کند که از آن با عنوان معرفت فطری یا قلبی یاد می‌شود. از این‌رو هرچند این مدرسه الهیات سلبی را قبول دارد، اما منکر معرفت اثباتی از خدا نیست. از دیدگاه این مدرسه، انسان‌ها پیش از ورود به جهان کنونی، حامل معرفتی قلبی و اثباتی از خدا شده‌اند که البته در دنیا نوعاً از آن غافلند و فلسفۀ ارسال پیامبران، برداشتن حجاب غفلت و تذکر به همین فطرت و نعمت فراموش شده است. اما عقل انسان نیز می‌تواند پس از اثبات مبدأ جهان، از طریق تفسیر سلبی صفات الهی، به شناختی از خدا بدون تشبیه نائل آید و در واقع، خدایی را که قلباً شناخته است، با عقل توضیح دهد و منظور از مکمل بودن همین است، نه اینکه الهیات سلبی چیزی بر معرفت قلبی می‌افزاید. دلیل و مبنای اصلی نفی الهیات ایجابی در این مدرسۀ فکری، نفی تشبیه است. البته در زمینۀ تفسیر چگونگی مکمل بودن الهیات سلبی، اختلاف‌نظرهایی در میان بزرگان مدرسۀ خراسان وجود دارد که به وجودشناسی صفات الهی و اثبات و نفی صفت برمی‌گردد. در بیان دیدگاه‌های مطرح در مدرسۀ خراسان، به دیدگاه آیت‌الله میرزا مهدی اصفهانی، بنیانگذار این مدرسه و سه شاگرد برجستۀ او یعنی آیت‌الله مجتبی قزوینی،آیت‌الله ملکی میانجی و آیت‌الله مروارید اکتفا کرده‌ایم.
